De acordo com o definido no Artigo 40º do Decreto-Lei nº 183/2009, de 10 de agosto, durante a fase de exploração do Aterro Sanitário, deverá ser executado o programa de acompanhamento e controlo fixado no alvará de licença para a operação de deposição de resíduos em aterro, o qual atende, designadamente, aos requisitos fixados na parte A do anexo III do referido decreto-lei, como sejam os assentamentos e enchimento, os lixiviados produzidos, as águas subterrâneas, as águas superficiais e os gases gerados.

São também monitorizados o efluente pré-tratado descarregado no coletor municipal proveniente da Estação de Tratamento de Lixiviados, bem como os efluentes gasosos provenientes do sistema de valorização energética do biogás.

O controlo dos assentamentos e enchimento é efetuado com apoio de levantamento aerofotogramétrico anual e controlo topográfico de terra, permitindo identificar necessidades de enchimento e modelação de taludes e da superfície das zonas que não estão em exploração, bem como corrigir pendentes de linhas de drenagem.

O controlo dos lixiviados produzidos e do efluente pré-tratado descarregado no coletor municipal passa pela monitorização da sua quantidade e da sua qualidade.  Quanto à qualidade, a periodicidade de amostragem realizada corresponde à definida na licença ambiental, sendo mensal, trimestral e semestral consoante os parâmetros analisados.

O controlo da qualidade das águas subterrâneas na zona de implantação dos dois aterros é realizado na rede piezométrica dentro da área do mesmo, constituída por 8 piezómetros no ASMC e por 3 piezómetros e 1 furo no ASO.  A periodicidade de amostragem cumpre o definido na licença ambiental, sendo mensal, semestral e anual consoante os parâmetros analisados.

No ASMC, o controlo das águas superficiais é efetuado na ribeira Crós-Cós, linha de água mais próxima, com nascente a montante (topo oeste) do vale onde se implanta o ASMC, afluindo ao rio Tejo. A periodicidade de amostragem definida é trimestral aos parâmetros definidos na licença ambiental. No ASO também é feito o controlo das águas subterrâneas na zona envolvente ao aterro em 2 furos e 2 poços de particulares.

O controlo da qualidade dos gases produzidos é realizado em todos os poços de drenagem instalados em zonas de aterro de RSU. São efetuadas medições mensais dos teores de CH4 (metano), CO2 (dióxido de carbono), O2 (oxigénio) e H2S (ácido sulfídrico). Na unidade de valorização energética do biogás é feita a medição em contínuo do caudal bem como a caracterização da qualidade do biogás. É também efetuada a caracterização dos efluentes gasosos provenientes dos motogeradores.